Voor alle leerlingen gelden de normale toelatingseisen: een advies van de basisschool en een noodzakelijk studieniveau. Voor leerlingen die behoefte hebben aan het extra ondersteuningsaanbod bestaan verschillende varianten:
* de leerling wordt geplaatst op het Isendoorn College met ondersteuning vanuit de school;
* de leerling wordt geplaatst op het Isendoorn College met ondersteuning van een andere
school of instelling (bijvoorbeeld: het samenwerkingsverband of het speciaal onderwijs);
* de leerling wordt geplaatst op een andere reguliere school die de gevraagde ondersteuning
zelf kan bieden;
* de leerling wordt geplaatst op een school voor speciaal onderwijs.
In het eerste geval besluit de toelatingscommissie van het Isendoorn College hiertoe. Het betreft dan hulp vanuit de basisondersteuning die het Isendoorn College in huis heeft. Het is wel belangrijk om dit vroegtijdig (ruim vóór de aanmeldingsdatum) op school te bespreken om teleurstellingen te voorkomen. Een gesprek met de intern begeleider en/of onderwijsgeneralist (ambulant begeleider van de basisschool en de zorgcoördinator of een afdelingsleider van het Isendoorn College kan vaak al verhelderend zijn.
Als niet zeker is of het Isendoorn College zelf de juiste ondersteuning kan bieden én in alle gevallen waarbij zeker is dat deskundige hulp van buiten de school nodig is, wordt het Samenwerkingsverband ingeschakeld. De leerling wordt dan ingebracht in de toewijzingscommissie van het Samenwerkingsverband. Dit gebeurt via de basisschool.
Met basisscholen is afgesproken dat met leerlingen voor wie duidelijk is dat extra ondersteuning in het voortgezet onderwijs nodig zal zijn al vanaf medio groep 7 een goede en zorgvuldige ondersteuningsroute kan starten naar het voortgezet onderwijs. Als dit aan de orde is zal de basisschool contact opnemen met het Samenwerkingsverband VO.